Mientras que todos los árboles y arbustos pueden convertirse en bonsáis, algunas especies se prestan mejor a la estructuración que otras. Aunque teóricamente no hay árboles específicos para los bonsáis, se utilizan más comúnmente algunas variedades con hojas, flores y frutos pequeños, entre las que se pueden observar tres categorías principales.
Para el cultivo al aire libre, se prefieren las especies resistentes. Entre los más utilizados se encuentran el pino blanco japonés, el arce Bürger, el arce del país, el arce del río Amur, el arce japonés, el aliso, el boj, el carpe, el cedro, el falso ciprés y el ciprés, el espino, el carbón vegetal, el fresno, el ginkgo biloba, el acebo japonés, el enebro y la lila india, alerce, alheña, copalms americanos, madreselva, manzanas pequeñas, secuoya, olivo, vid, pino, potentilla, membrillo, arbusto ardiente, granada, roble pedunculado y alcornoque, tejo, olmos de Siberia, Cáucaso, hojas pequeñas o de China, glicinia, zelkova japonesa.
Especies de invernadero
Al igual que sus primos resistentes, las especies de orangutanes requieren protección contra las heladas durante los fríos meses de invierno. Entre los más utilizados se encuentran la buganvilla, el bambú de Félicité, la serissa y el rododendro.
Especies de invernadero
Las especies más frágiles y especialmente las especies tropicales deben mantenerse en una habitación cálida, mantenida permanentemente por encima de los 10 grados. Entre los más utilizados se encuentran la crasula, la carmona, la ciruela de Java, el higo tropical y todas las variedades de ficus.
Sabiendo que cada especie tiene necesidades diferentes, se recomienda encarecidamente que busque el consejo de especialistas para asegurar la buena salud de su árbol. Las principales diferencias de tratamiento radican en la proporción y frecuencia del riego, la luz solar (directa o indirecta) y la resistencia a las heladas.
En general, las especies locales resistentes pueden tolerar relativamente bien el clima frío si la maceta está suficientemente protegida de los daños de las heladas. Las especies tropicales que se comercializan muy comúnmente son lógicamente más frágiles. Necesitan ser invernados en una habitación que pueda ser fresca, pero sobre todo que sea brillante y con humedad constante. Si no se dispone de una habitación de este tipo (veranda, invernadero, invernadero), es más prudente optar por un bonsái exterior más rústico.