Nacido en Egipto, desarrollado en China y luego codificado en Japón, el arte de cultivar árboles en maceta se remonta a 4000 años. Una formidable epopeya planetaria que finalmente llegó a Europa sólo bastante tarde en 1878.
Según los escritos encontrados de la época de los faraones, el cultivo de plantas en maceta comenzó a orillas del Nilo en Egipto hace unos 4.000 años. En ese momento, la técnica estaba destinada principalmente a facilitar el movimiento de las plantas. Más tarde, los griegos, babilonios, persas e indios retomaron la técnica por las mismas razones prácticas. El cultivo estético fue inventado por los chinos durante la Dinastía Han (206 a.C. – 220 d.C.). En ese momento, la técnica del Bonsái se basaba en recrear un paisaje en un cuenco. Fue durante la Dinastía Qin (220 – 581) que aparecieron los primeros árboles individuales en una maceta.
Los bonsáis con una estructura codificada como los conocemos hoy fueron creados en Japón. Probablemente fue en los siglos VI y VII cuando el arte del cultivo de bonsáis cruzó los mares hasta Japón con los monjes budistas encargados de difundir sus creencias. Aunque algunos escritos lo atestiguan, parece que el encaprichamiento de los japoneses con este arte debe haber esperado varios siglos.
Así, durante la dinastía Yuan (1279 – 1368 d.C.), se confirma que los ministros y comerciantes japoneses trajeron árboles de China, y no fue hasta el exilio forzoso de un funcionario chino, Chu Shun-sui en 1644 que una colección completa llegó a Japón. Este hombre amante de los bonsáis huyó de la dominación manchú y para ocuparse en la tierra del exilio, inició a unos cuantos japoneses. Durante siglos, unos pocos privilegiados perpetuaron estas enseñanzas. Sólo las clases dominantes, feudales y religiosas, estaban en control. No fue hasta la primera exposición nacional de bonsáis en Tokio en 1914 que la cultura de los bonsáis se volvió más democrática. El cultivo de bonsáis fue finalmente reconocido como un arte en Japón sólo en 1934.
En Europa, el primer bonsái que se exhibió fue traído especialmente para la tercera Exposición Universal de París en 1878. Los documentos de esa época muestran Bonsáis completamente diferentes a los que conocemos hoy en día. La codificación actual se remonta a la década de 1950. Durante la Segunda Guerra Mundial, los americanos importaron muchos especímenes de Japón. A partir de 1965, los árboles de bonsái se extendieron por Europa, principalmente por Alemania y los Países Bajos. Su éxito en Francia sólo apareció en la década de 1980.